Lt. § 14 Abs. 2 Satz 5 des Umsatzsteuergesetzes kann eine Rechnung im Namen und für Rechnung eines Unternehmens durch Dritte ausgestellt werden. Vom BMF wurde 2004 noch einmal klar gestellt, dass sich das Ausstellen von Rechnungen durch Dritte ebenfalls auf elektronische Rechnungen mit qualifizierter elektronischer Signatur bezieht. Hierfür ist vom leistenden Unternehmen eine Vollmacht für eine oder mehrere natürliche Personen des Dritten auszustellen (siehe hierzu: Rechtliche Aspekte).

Grundsätzlich kann jede beliebige Datei signiert werden. Format und Dateiinhalt werden beim eigentlichen Signaturprozess nicht geprüft.

Die Übertragung der zu signierenden Dateien an das Portal kann auf zwei Arten erfolgen:

Die Erzeugung einer digitalen qualifizierten Signatur verläuft in mehreren Schritten:

1. Der Datensender übermittelt die zu signierende Datei an das Signaturportal
2. Zu dieser Datei wird mittels eines von einem ZDA vergebenen Zertifikates sowie mittels von der Bundesnetzagentur geprüfter Hard- und Softwarekomponenten ein eindeutiger Fingerabdruck, der sog. Hashwert erzeugt. Aus dem Hashwert wird die eigentliche Signaturdatei erzeugt.
3. Originaldatei und Signaturdatei werden an den Empfänger übermittelt.
4. Dateiempfang, Signiervorgang und Sendevorgang werden auf dem Portal protokolliert.